Organisasi Marin Antarabangsa (IMO) mendefinisikan Kawasan Laut Sensitif atau Particularly Sensitive Sea Area (PSSA) sebagai kawasan yang penting (untuk ekologi, sosio-ekonomi atau saintifik) yang memerlukan perlindungan khas kerana ia mungkin terdedah kepada kerosakan oleh aktiviti maritim antarabangsa. Contoh-contoh PSSA sedia ada termasuk Great Barrier Reef dan Selat Torres di Australia, Florida Keys Sanctuary Marine National di Amerika Syarikat, dan Rizab Nasional Paracas di Peru.

Kawasan perairan pantai dari Pulau Kukup ke Tanjung Piai (PK-TP) telah dicalonkan sebagai PSSA. Kawasan ini telah mengalami hakisan pantai yang disebabkan oleh terlalu banyak kapal laut komersial yang melalui Selat Melaka. Kawasan PK-TP terletak di salah satu titik sempit selat dan pada asasnya titik masuk ke Pelabuhan Tanjung Pelepas dan Singapura. Kapal-kapal besar yang melewati selat sempit menghasilkan gelombang yang kuat yang mengikis pantai. Terdapat juga risiko pelupusan haram sampah, minyak dan kumbahan dari kapal-kapal yang berlabuh berhampiran sambil menunggu untuk memasuki pelabuhan.

Pencalonan PK-TP telah dicetuskan oleh beberapa agensi kerajaan Malaysia, termasuk Jabatan Laut Malaysia, Institut Maritim Malaysia (MIMA) dan Perbadanan Taman Negara Johor. Cadangan itu mula-mula dibentangkan pada Sidang Ke-68 Jawatankuasa Perlindungan Alam Sekitar Marin (MEPC) pada Mac 2015. Perbincangan diteruskan pada MEPC Sesi ke-71 pada 2017, dengan tujuan untuk kelulusan akhir menjelang 2018. Usaha-usaha ini diteruskan dengan penglibatan agensi-agensi lain termasuk Unit Perancang Ekonomi (EPU), Institut Penyelidikan Hidrografi Kebangsaan Malaysia, Lembaga Kemajuan Ikan Malaysia (LKIM), serta Pelabuhan Tanjung Pelepas.

Tujuan MOA, yang telah ditandatangani pada tahun 2012, adalah untuk meningkatkan penyelidikan saintifik dan program kesedaran awam, dengan penekanan kepada biodiversiti, alam sekitar, sumber alam, ekopelancongan, sosial, pendidikan, geologi, arkeologi dan pembangunan lestari dan pengurusan di Johor Negara Taman, terutamanya di Taman Negara Endau Rompin Johor.

Skop kerjasama ini termasuk:

1. Pembangunan Pusat Penyelidikan Lapangan UTHM-JNPC
2. Penyelidikan & penerbitan
3. Latihan & ekspedisi
4. Pembinaan stesen cuaca mini
5. Usaha pemuliharaan
6. Sains sosial dan penyelidikan masyarakat
7. Program pendidikan alam
8. Pembangunan sistem hidro hidro hibrid
   
   

Oleh itu, taman ini menjadi tapak utama bagi latihan praktikal dan penyelidikan lapangan untuk program Sarjana Muda Sains (Biodiversiti dan Pemuliharaan) UTHM. Program sarjana muda, yang dikendalikan oleh Fakulti Sains dan Teknologi Gunaan UTHM, bertujuan untuk membangunkan kepakaran dalam biologi pemuliharaan untuk Negeri Johor khususnya dan Malaysia pada umumnya.

UTHM menggunakan NERC sebagai stesen penyelidikan lapangan dan makmal. Siswazah tahun akhir dan juga pelajar pascasiswazah (Sarjana Sains dan Doktor Falsafah) yang menjalankan projek-projek penyelidikan di taman adalah berdasarkan pada NERC untuk tempoh masa.

Dalam Perjanjian Kerjasama ini, Taman Negara Johor Pulau Kukup akan dibangunkan sebagai Pusat Penyelidikan Hutan Paya Laut FRIM dalam menjadikan Pulau Kukup sebagai pusat penyelidikan dan pembangunan (R&D) berkaitan Hutan Paya Bakau yang bertaraf antarabangsa.

Antara kandungan di dalam Perjanjian Kerjasama Penyelidikan ini, adalah:

1. Penyediaan Kemudahan Ruang Pejabat Penyelidikan di Kukup.
2. Penubuhan Plot Penyelidikan Kekal
3. Projek Pemuliharaan In-situ dan Ex-situ bagi Spesies Hutan Paya Laut di Pulau Kukup
4. Penganjuran program Ekspedisi Saintifik di Tapak Ramsar Johor
5. Stesen Kecil Kaji Cuaca
6. Penerbitan Secara Bersama

Projek Pemuliharaan Hidupan Liar Johor (JWCP) merupakan inisiatif oleh Kerajaan Johor untuk melindungi hidupan liar di Johor, dengan tumpuan diberikan kepada harimau Malaya dan gajah Asia dalam landskap Endau-Rompin. Landskap ini terdiri daripada Taman Negara Endau Rompin Johor dan beberapa Hutan Simpan Kekal (PRF) di timur Johor. Pada tahun 2010, tapak projek diperluas untuk merangkumi kawasan Lingiu serta hutan bersebelahan di Pahang. Ini meningkatkan lanskap projek ke sekitar 3,800 kilometer persegi, menjadikannya lebih berdaya tahan untuk harimau dan gajah.², making it more viable for tigers and elephants.

DYMM Sultan Ibrahim Ismail Ibni Almarhum Sultan Iskandar adalah penaung JWCP. Projek itu diluluskan secara rasmi melalui keputusan Exco Negeri (EXCO) pada 5 Disember 2007, dengan pelancaran rasmi pada 15 Jun 2009. Rakan kongsi utama JWCP adalah Perbadanan Taman Negara Johor (JNPC), Jabatan Perhutanan Negeri Johor (JSFD) , Jabatan Hidupan Liar dan Taman Negara Johor (DWNPJ), Kontinjen Polis Diraja Malaysia (PDRM), Kulim (Malaysia) Berhad dan Persatuan Pemuliharaan Hidupan Liar – Program Malaysia (Program WCS-Malaysia).

Matlamat projek termasuk meningkatkan bilangan harimau sebanyak 50 peratus dalam tempoh 10 tahun. DYMM Sultan Ibrahim menetapkan larangan pemburuan di Johor yang membantu matlamat ini dengan melindungi harimau dan spesies mangsa. Survei perangkap kamera telah dijalankan untuk menganggarkan populasi hidupan liar dan akan terus digunakan untuk mengukur penambahbaikan. Ancaman utama kepada hidupan liar di kawasan itu ialah penebangan hutan dan pemburuan haram. Rondaan anti-pemburuan telah dihasilkan melalui kaedah saintifik dan perisikan yang menggunakan Sistem Maklumat Pengurusan (MIST) sebagai alat rakaman dan laporan. Rondaan anti-pemburuan haiwan liar di negeri jiran Pahang juga berfungsi untuk melindungi sempadan utara JWCP. Mitigasi Konflik Manusia-Gajah (HEC) juga merupakan sebahagian daripada projek ini, di mana penyelesaian inovatif digunakan untuk mengelakkan gajah daripada menyerang tanaman.